ยังเป็นปัญหาที่ยังไม่ได้รับการแก้ไขจากผู้บริหารกทม. หลังจาก นายนภาพล จีระกุล สก.บางกอกน้อย. ในฐานะประธานคณะกรรมการวิสามัญเพื่อศึกษาปัญหาของโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียว ได้นำประเด็นดังกล่าวหารือในสภากทม.เกี่ยวกับมูลหนี้ที่ กทม. และ บริษัทกรุงเทพธนาคม ค้างชำระค่าจ้างบริการเดินรถไฟฟ้าส่วนต่อขยาย ที่ 1 และ 2 รวมถึง ค่าซ่อมบำรุงที่ 1 และ 2 กับ บริษัท ระบบขนส่งมวลชนกรุงเทพ จำกัด (มหาชน) หรือ BTSC
ทั้งหมด 3 ส่วน แบ่งเป็นส่วนที่ 1 หนี้ค่าจ้างเดินรถและซ่อมบำรุงปี 2564 – 2565 ซึ่ง BTSC ดำเนินการฟ้องศาลปกครองกลาง กระทั่งต่อศาลปกคองสูงสุด ได้มีคำพิพากษาให้ กทม.และ บริษัทกรุงเทพธนาคม ชำระหนี้ค่าจ้างเดินรถและซ่อมบำรุงรถไฟฟ้าสายสีเขียว ส่วนต่อขยายที่ 1 และ 2 ให้แก่ BTSC เป็นจำนวนเงินกว่า 11,755 ล้านบาท พร้อมดอกเบี้ยในอัตรา MLR ของธนาคารกรุงไทยบวก 1% ต่อปี นับแต่วันที่ฟ้องจนกว่าจะชำระเสร็จสิ้น โดยให้ชำระหนี้ภายใน 180 วัน นับแต่วันที่คดีถึงที่สุด
และทางด้าน กทม.และ บริษัทกรุงเทพธนาคม ได้ชำระหนี้ค่าจ้างติดตั้งงานระบบเดินรถ (ระบบไฟฟ้าและเครื่องกล หรือ E&M) โครงการรถไฟฟ้าส่วนต่อขยาย 2 ช่วงแบริ่ง – เคหะสมุทรปราการ และ ช่วงหมอชิต – สะพานใหม่ – คูคต จำนวนเงิน 23,000 ล้านบาท และหนี้ที่เกิดจากการฟ้องค่าจ้างให้บริการเดินรถไฟฟ้า ค่าซ่อมบำรุง (O&M) ครั้งที่ 1 ส่วนต่อขยาย 1 ช่วงอ่อนนุช – แบริ่งและช่วงสะพานตากสิน – บางหว้า (เดินรถช่วง พ.ค. 62-พ.ค. 64) และส่วนต่อขยาย 2 ช่วงแบริ่ง – เคหะสมุทรปราการและช่วงหมอชิต – สะพานใหม่ – คูคต (เดินรถช่วง เม.ย. 2560-พ.ค. 2564) อีกจำนวนเงิน 14,476 ล้านบาท ให้กับ บริษัท ระบบขนส่งมวลชนกรุงเทพ จำกัด (มหาชน) หรือ BTSC แล้ว
อย่างไก็ตามภายใต้สัญญาเดิม BTSC ยังได้ยื่นฟ้องต่อศาลปกครอง ร้องขอให้กทม. และ บริษักรุงเทพธนาคม ชำระค่าจ้างเดินรถไฟฟ้า ส่วนที่ 2 ( ช่วงมิถุนายน 2564 – ตุลาคม 2565) มูลค่ารวม 12,245 ล้านบาท แยกเป็นส่วนต่อขยายที่ 1 จำนวนเงินต้น 2,279 ล้านบาท ดอกเบี้ย 501 ล้านบาท และ ส่วนต่อขยายที่ 2 จำนวนเงินต้น 7,848 ล้านบาท และ ดอกเบี้ย 1,617 ล้านบาท รวมถึง ค่าจ้างบริการเดินรถไฟฟ้า (ช่วงพฤศจิกายน 2565 – ธันวาคม 2567) อีก 17,121 ล้านบาท แบ่งเป็นส่วนต่อขยายที่ 1 จำนวนเงินต้น 3,242 ล้านบาท ดอกเบี้ย 274 ล้านบาท , ส่วนต่อขยายที่ 2 จำนวนเงินต้น 12,615 ล้านบาท ดอกเบี้ย 990 ล้านบาท
ขณะที่ประมาณการทั้งปี 2568 (มกราคม – ธันวาคม) กทม.และบริษัทกรุงเทพธนาคม มีมูลหนี้ที่ต้องชำระให้กับ บริษัท ระบบขนส่งมวลชนกรุงเทพ จำกัด (มหาชน) หรือ BTSC อีกจำนวน 8,361 ล้านบาท แบ่งเป็นส่วนต่อขยายที่ 1 จำนวน 2,612 ล้านบาท และส่วนต่อขยายที่ 2 จำนวน 6,149 ล้านบาท รวมภาระหนี้ทั้งหมดทั้งเงินต้นและดอกเบี้ยสูง สำหรับ าจ้างเดินรถไฟฟ้า ส่วนที่ 2 สูงถึง 31,522.8 ล้านบาท
โดย นายนภาพล จีระกุล สมาชิกสภากรุงเทพมหานคร (สก.) เขตบางกอกน้อย ได้เคยเสนอให้ ผู้บริหารกทม. ดำเนินการเร่งรัดจ่ายหนี้ ค่าจ้างให้บริการเดินรถไฟฟ้า ค่าซ่อมบำรุง (O&M) โดยเร็ว เนื่องจาก ค่าจ่างเดินรถและค่าซ่อมบำรุงรถไฟฟ้า ตั้งแต่ กทม.เข้ามาดำเนินการ มีหนี้ที่ค้างชำระค่อนข้างมาก และถึงจะมีการจ่ายบางส่วนไปแล้ว แต่ด้วยแนวทางคำพิพากษาของศาลปกครองสูงสุด เชื่อได้ว่าจะเป็นไปตามเดิม ในการสั่งให้ กทม. และ บริษัทกรุงเทพมหานคร ต้องชำระหนี้ตามสัญญาที่มีการตกลงกันไว้ เพราะปัจจุบันจำนวนภาระดอกเบี้ยที่กทม.ต้องแบกรับสูงเพิ่มขึ้นถึงวันละ 5.4 ล้าน
