ขณะที่ปีงบประมาณ 2569 งบบริการทางการแพทย์เหมาจ่ายรายหัว 198,227.74 ล้านบาท (หรืออัตราเหมาจ่ายเท่ากับ 4,173.04 บาทต่อผู้มีสิทธิหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ 47.502 ล้านคน) เป็นงบสำหรับบริการทางการแพทย์ 133,154.28 ล้านบาท และเงินเดือนบุคลากรของหน่วยบริการภาครัฐในระบบ 65,073.46 ล้านบาท

ทั้งนี้ ข้อกฎหมายตาม พ.ร.บ.เงินเดือนและเงินประจำตำแหน่งของข้าราชการ พ.ศ.2538 ทำให้เงินที่กองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติได้รับจะเป็นเฉพาะเงินส่วนที่ไม่รวมเงินเดือนและค่าใช้จ่ายอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับบุคลากรของหน่วยบริการของรัฐ ที่ได้รับจากเงินงบประมาณโดยตรง (ค่าแรงในระบบ) ดังนั้นจึงต้องมีการหักค่าแรงในระบบสำหรับหน่วยบริการของรัฐออกจากเงินที่จ่าย ก่อนที่จะจ่ายจริงให้กับหน่วยบริการของรัฐต่างๆ

โฆษก สปสช. กล่าวต่อว่า สำหรับแนวทางหักเงินเดือนหรือค่าแรงบุคลากรนั้น ตั้งแต่ปีงบประมาณ 2561 สำนักงบประมาณได้เริ่มหักค่าแรงโดยใช้ฐานการหักเงินเดือนบุคลากรภาครัฐในปีที่ผ่านมาคูณด้วยอัตราการเติบโตของค่าแรง (% Growth) ต่อมาปี 2566 สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข (สป.สธ.) และ สปสช. ทำข้อมูลร่วมกันแล้วพบว่าอัตราการเติบโตจริง คือ 4.93% จึงขอปรับลดอัตราการหักค่าแรงภาครัฐไปที่สำนักงบประมาณ และใช้ข้อมูลนี้มาตั้งแต่ปีงบประมาณ 2566 รวมถึงมติบอร์ด สปสช. เมื่อวันที่ 3 กรกฎาคม 2566 ในการจัดทำคำของบประมาณว่า เมื่อหักเงินเดือนบุคลากรภาครัฐแล้ว งบดำเนินการหลักจะไม่ลดลงและควรเพิ่มขึ้นตามอัตราเงินเฟ้อ เพื่อไม่ให้มีผลกระทบต่อฐานะการเงินของหน่วยบริการ

สำหรับขั้นตอนการหักค่าแรงในหน่วยบริการภาครัฐในระบบหลักประกันสุขภาพแห่งชาตินั้น สำนักงบประมาณดำเนินการดังนี้

1.แยกเพดานค่าแรงในระบบเป็น 2 กลุ่ม คือ กลุ่มหน่วยบริการสังกัด สป.สธ. และกลุ่มหน่วยบริการของรัฐอื่นๆ

2.หักค่าแรงจากรายการค่าบริการทางการแพทย์เหมาจ่ายรายหัว โดยให้ได้จำนวนเงินค่าแรงในระบบตามการคำนวณของสานักงบประมาณ และให้มีการเกลี่ยระหว่างหน่วยบริการภายในกลุ่มเดียวกันได้

3. วิธีการหักค่าแรงแบ่งเป็น 3 กลุ่ม

3.1 หน่วยบริการรัฐสังกัดอื่นๆ ในพื้นที่เขต 1-12 ให้หักค่าแรงในระบบที่ระดับหน่วยบริการประจำ โดยให้หักจากรายรับผู้ป่วยนอก (OP) ผู้ป่วยใน IP และบริการสร้างเสริมสุขภาพ (PP) โดยให้ได้จำนวนเงินค่าแรงในระบบรวมตามการคำนวณของสำนักงบประมาณ

3.2 หน่วยบริการรัฐสังกัดอื่นๆ ในพื้นที่เขต 13 แนวทางการหักค่าแรง ให้เป็นไปตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่ สปสช.กำหนด

3.3 หน่วยบริการของรัฐสังกัด สป.สธ. ให้หักค่าแรงในระบบที่ระดับหน่วยบริการประจำ โดยหักจากรายรับ OP/PP/IP ให้ได้จำนวนเงินค่าแรงในระบบรวมตามการคำนวณของสานักงบประมาณ โดยใช้ตัวเลขการเบิกจ่ายงบบุคลากรจากระบบของกรมบัญชีกลางและระบบ GFMIS เป็นตัวเลขอ้างอิงระดับจังหวัด และสำนักงานสาธารณสุขจังหวัด (สสจ.) ปรับเกลี่ยกระจายเป็นรายหน่วยบริการประจำ ด้วยข้อมูลงบบุคลากรที่ปฏิบัติงานจริงจากกระทรวงสาธารณสุข โดยในส่วนนี้จะเป็นไปตามข้อตกลงร่วมกันระหว่าง สป.สธ. และ สปสช. ในรูปแบบของคณะกรรมการกำหนดแนวทางการใช้จ่ายเงินกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติของหน่วยบริการสังกัด สป.สธ.ระดับประเทศ หรือคณะกรรมการฯ 7×7