โฆษกอัยการพิเศษเผยว่าข้อกล่าวหาที่ระบุในหมายจับประกอบด้วยการขัดขวางกระบวนการยุติธรรม การใช้อำนาจในทางมิชอบ และการปลอมแปลงเอกสารราชการ ขณะที่สื่อท้องถิ่นรายงานว่ายุนยังถูกกล่าวหาว่าละเมิดสิทธิของสมาชิกคณะรัฐมนตรีด้วยการขัดขวางไม่ให้สมาชิกส่วนใหญ่เข้าร่วมการประชุมสำคัญก่อนเขาประกาศกฎอัยการศึกเมื่อวันที่ 3 ธ.ค. 2567
ส่วนข้อกล่าวหาเพิ่มเติมประกอบด้วยการสั่งให้เผยแพร่ข้อมูลอันเป็นเท็จต่อสื่อต่างประเทศ การสั่งผู้ช่วยให้ขัดขวางการจับกุมเขาเมื่อเดือนมกราคม และสั่งให้ลบข้อมูลการใช้โทรศัพท์
ทีมอัยการพิเศษ ซึ่งเริ่มการสอบสวนเมื่อวันที่ 18 มิ.ย. ที่ผ่านมา ได้ขอหมายจับเพื่อควบคุมตัวยุนเป็นระยะเวลาอย่างน้อย 20 วัน ต่อมามีการยื่นคำร้องแยกต่างหากเพื่อขอออกหมายจับยุนเป็นเวลาไม่เกิน 48 ชั่วโมง แต่ศาลกรุงโซลปัดตกคำร้องดังกล่าวเนื่องจากเห็นว่ายุนแสดงความเต็มใจให้ซักถาม
อย่างไรก็ดี ยุนได้ปฏิเสธหมายเรียกของตำรวจครั้งที่สามเมื่อวันที่ 19 มิ.ย. ที่ต้องการให้มาให้ปากคำในข้อกล่าวหาออกคำสั่งให้หน่วยงานความมั่นคงของประธานาธิบดีขัดขวางความพยายามจับกุมตัวเขาเมื่อเดือนมกราคม และสั่งให้ลบข้อมูลในโทรศัพท์ที่มอบให้กับผู้บัญชาการทหารสามนาย
ยุนถูกจับกุมที่สำนักงานประธานาธิบดีเมื่อวันที่ 15 ม.ค. และถูกฟ้องร้องขณะอยู่ภายใต้การควบคุมตัวเมื่อวันที่ 26 ม.ค. ในฐานะผู้ต้องสงสัยว่าเป็นแกนนำก่อกบฏ แต่ได้รับการปล่อยตัวเมื่อวันที่ 8 มี.ค. เนื่องจากอัยการตัดสินใจไม่ยื่นอุทธรณ์ต่อคำสั่งอนุญาตให้ปล่อยตัวของศาล
ศาลรัฐธรรมนูญมีมติยืนยันการถอดถอนยุนจากตำแหน่งประธานาธิบดีอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 4 เม.ย. จากกรณีพยายามประกาศกฎอัยการศึกเมื่อเดือนธันวาคม