นอกจากนี้ นายนพรัตน์ก็ยังเป็นผู้ต้องหาตามสำนวนการสอบของตำรวจกองบังคับการป้องกันปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบ (บก.ปปป.) อีกหลายสิบคดี ซึ่งทางพลตำรวจตรีจรูญเกียรติ ปานแก้ว รองผู้บัญชาการตำรวจสอบสวนกลาง และพลตำรวจตรีประสงค์ เฉลิมพันธ์ ผู้บังคับการปราบปรามการป้องกันปราบปรามการกระทำความผิดเกี่ยวกับการทุจริตและประพฤติมิชอบ ได้มีการยื่นคำร้องขอส่งตัวนายนพรัตน์เป็นผู้ร้ายข้ามแดน เพื่อนำกลับมาดำเนินคดีในไทยด้วย สำหรับขั้นตอนส่งตัวผู้ต้องหารายนี้กลับมาดำเนินคดีในประเทศไทยก็น่าจะใช้เวลาการต่อสู้ในชั้นศาลอีกระยะหนึ่งอีกด้วย

ทั้งนี้ พลตำรวจตรีจรูญเกียรติ เปิดเผยว่า ได้รับทราบข้อมูลการจับกุมดังกล่าวแล้ว ตามขั้นตอนจะต้องมีการนำตัวนายนพรัตน์ไปขึ้นศาลที่สหรัฐอเมริกา เนื่องจากทางการไทยได้มีการขอหมายแดงไว้ว่านายนพรัตน์หลบหนีการจับกุมคดีในประเทศไทย และเชื่อว่านายนพรัตน์เองน่าจะต้องจ้างทนายต่อสู้คดี โดยอ้างความเป็นพลเมืองสหรัฐฯ เพราะนายนพรัตน์ได้ citizen แล้ว แต่กระบวนการทั้งหมด คาดว่าจะแล้วเสร็จภายในปีนี้ก็จะทราบผลว่าจะมีการส่งตัวนายนพรัตน์ กลับมาดำเนินคดีที่ประเทศไทยได้หรือไม่

สำหรับนายนพรัตน์ตกเป็นหนึ่งในผู้ถูกกล่าวหาพร้อมกับ นายพนม ศรศิลป์ อดีต ผอ.พศ.// นางประนอม คงพิกุล อดีตรอง ผอ.พศ. และพวก พร้อมกับพระเถระบางส่วน ในคดีทุจริตเงินทอนวัดหลายสำนวน โดยในชั้นการไต่สวนของคณะกรรมการ ป.ป.ช. ยังเหลืออีกอย่างน้อย 36 สำนวนที่ต้องดำเนินการไต่สวน จากทั้งหมด 47 สำนวน