จากเหตุขณะดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี และประธานกรรมการนโยบายข้าวแห่งชาติ ปล่อยให้มีการทุจริตในโครงการรับจำนำข้าว และเพิกเฉยไม่ระงับยับยั้งความเสียหายที่เกิดขึ้นแก่ราชการตามอำนาจหน้าที่ เป็นเหตุทำให้กระทรวงการคลังได้รับความเสียหาย โดย นางสาวยิ่งลักษณ์ ได้ยื่นคำฟ้องต่อศาลปกครองรวม 4 คำฟ้อง ซึ่งศาลได้รวมพิจารณาเป็นคดีเดียว แลศาลจะได้มีการสรุปข้อเท็จจริงในคดีให้ผู้รับมอบอำนาจของคู่กรณีทั้งสองฝ่ายได้รับทราบ รวมทั้งให้ตุลาการผู้แถลงคดี ได้แถลงความเห็นส่วนตัวที่ไม่มีผลผูกพันต่อการพิจารณาวินิจฉัยคดีขององค์คณะตามขั้นตอนการพิจารณาของศาลปกครอง
ก่อนหน้านี้ เมื่อวันที่ 29 มี.ค.64 ศาลปกครองกลางมีคำพิพากษาให้ นายบุญทรง เตริยาภิรมย์ อดีต รมว.พาณิชย์ นายภูมิ สาระผล อดีต รมช.พาณิชย์ และพวกรวม 5 คน ชดใช้ค่าสินไหมทดแทนกรณีตามคำสั่งกระทรวงพาณิชย์ที่ 457 ลงวันที่ 19 ก.ย.2559 กรณีจงใจกระทำละเมิดให้ราชการเสียหาย จากการนำข้าวตามสัญญาซื้อขายแบบรัฐต่อรัฐ หรือ จีทูจี มาเวียนขายให้ผู้ประกอบการค้าข้าวภายในประเทศ โดยให้ นายบุญทรง ชดใช้เป็นเงิน 1,768,973,012 บาท นายภูมิ ชดใช้เป็นเงิน 2,242,571,739 บาท นายมนัส สร้อยพลอย อดีตอธิบดีกรมการค้าต่างประเทศ และ นายนายทิฆัมพร นาทวรทัต อดีต ผอ.สำนักบริหารการค้าข้าว กรมการค้าต่างประเทศ และอดีตผู้ช่วยเลขานุการ ในคณะทำงานอนุกรรมการพิจารณาระบายข้าว ชดใช้เป็นเงินรายละ 4,011,544,752 บาท และเพิกถอนคำสั่งกระทรวงพาณิชย์ดังกล่าวในส่วนที่ให้ นายอัฐฐิติพงศ์ หรือ อัครพงศ์ ทีปวัชระ หรือ ช่วยเกลี้ยง อดีตเลขานุการกรมการค้าต่างประเทศ ชดใช้ค่าสินไหมทดแทนจำนวน 4,011,544,752 บาท เป็นให้ชดใช้จำนวน 2,694,464,066 บาท
ล่าสุด วันที่ 2 เม.ย. 64 ศาลปกครองกลางมีคำพิพากษาเพิกถอน คำสั่งกระทรวงการคลัง ที่ 1351/2559 ลงวันที่ 13 ต.ค. 2559 ที่ให้ น.ส.ยิ่งลักษณ์ ชดใช้ค่าสินไหมทดแทนจากความเสียหายในโครงการรับจำนำข้าว จำนวน 20% หรือ ประมาณ 3.5 หมื่นล้านบาท ของความเสียหายทั้งหมด 1.78 แสนล้านบาท นอกจากนี้ยังให้เพิกถอนคำสั่งของกรมบังคับคดี กับพวกที่ออกคำสั่ง หรือประกาศใด ๆ ที่ดำเนินการเกี่ยวกับการอายัดทรัพย์สิน น.ส.ยิ่งลักษณ์
โดยศาลปกครองกลางเห็นว่า น.ส.ยิ่งลักษณ์ ในฐานะนายกรัฐมนตรี และในฐานะประธาน กขช. ไม่มีหลักฐานที่แน่ชัดว่าเป็นผู้กระทำให้เกิดความเสียหายในโครงการรับจำนำข้าวโดยตรง นอกจากนี้โครงการรับจำนำข้าวยังดำเนินการตามนโยบายที่รัฐบาลแถลงต่อรัฐสภา เป็นนโยบายสาธารณะขนาดใหญ่ ใช้เงินงบประมาณมาก ย่อมมีการขาดทุน แต่ยังอยู่ในกรอบวินัยการเงินการคลัง โดยผ่านการวิเคราะห์ของหน่วยงานต่าง ๆ เช่น สภาพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ , สำนักงบประมาณ และกระทรวงการคลัง เป็นต้น รวมถึง น.ส.ยิ่งลักษณ์ ในฐานะประธาน กขช. มีการนำเสนอแนวทางแก้ไขปัญหาแล้ว
รวมถึง น.ส.ยิ่งลักษณ์ มิได้มีการกระทำเพียงลำพังในการอนุมัติโครงการ หรืออนุมัติงบประมาณ จึงรับฟังไม่ได้ว่า น.ส.ยิ่งลักษณ์ ในฐานะนายกรัฐมนตรี และในฐานะ กขช. กระทำการจงใจ หรือปล่อยปละละเลยให้เกิดการทุจริต หรือเพิกเฉย ไม่ระงับยับยั้งความเสียหายในโครงการรับจำนำข้าว จนเป็นเหตุให้ราชการเสียหายตาม มาตรา 10 ประกอบมาตรา 8 แห่ง พ.ร.บ.รับผิดทางละเมิดฯ แต่อย่างใด
