รัฐบาลญี่ปุ่นของนายกรัฐมนตรีโยชิฮิเดะ ซูกะสั่งระดมฉีดวัคซีนป้องกันโควิดทั่วประเทศ โดยตั้งเป้าฉีดให้ได้ 1 ล้านโดสต่อวัน เพิ่มจากอัตราปัจจุบันที่ฉีดกัน 5 แสนโดสต่อวัน โดยเฉพาะกลุ่มผู้สูงอายุจำนวน 36 ล้านคนที่ซูกะตั้งเป้าว่าจะต้องฉีดให้ครบทุกคนภายในสิ้นเดือนกรกฎาคม และวันที่ 21 มิถุนายนนี้ก็จะเริ่มฉีดให้กับกลุ่มนักศึกษามหาวิทยาลัยและพนักงานออฟฟิศ ทั้งนี้รัฐบาลได้สั่งระดมแพทย์และพยาบาลทหารจำนวน 280 นายมาเร่งฉีดให้กับประชาชนที่กรุงโตเกียวและโอซาก้า ซึ่งมีผู้ติดเชื้อมากที่สุด นอกจากนี้ก็เปิดศูนย์ฉีดวัคซีนมากกว่า 3 หมื่น 3 พันแห่งทั่วประเทศ ในความพยายามที่จะฉีดให้ได้มากที่สุดก่อนการแข่งขันกีฬาโอลิมปิคจะเปิดฉากในวันที่ 23 กรกฎาคม
อย่างไรก็ตามดร.นาโอโตะ อูเอยามะ ผู้อำนวยการสมาคมแพทย์ญี่ปุ่นเตือนว่ารัฐบาลญี่ปุ่นเริ่มการฉีดวัคซีนล่าช้าเกินไป แม้จะสามารถฉีดผู้สูงอายุได้หมดตามเป้า แต่ชาวญี่ปุ่นอีก 70% ยังไม่ได้ฉีดเลย และเป้าหมายที่จะฉีดได้ 1 ล้านโดสต่อวันก็เป็นไปได้ยาก ดังนั้นอัตราการฉีดในปัจจุบันนี้จะไม่สามารถป้องกันการติดเชื้อและแพร่ระบาดในระหว่างการแข่งขันกีฬาโอลิมปิคได้
ชาวญี่ปุ่นที่ฉีดวัคซีนครบโดสแล้วมีเพียง 2.7 % และแม้คณะกรรมการโอลิมปิคกล่าวว่านักกีฬาที่เข้าร่วมการแข่งขันกว่า 80% จะรับการฉีดวัคซีน แต่ข้อมูลเกี่ยวกับการฉีดวัคซีนของนักกีฬาต่างชาติยังไม่ชัดเจน และที่น่าห่วงคือนักกีฬาจากประเทศที่มีผู้ติดเชื้อในระดับที่สูง